История библиотеки НАО «КазНМУ им. С.Д. Асфендиярова» начинается с открытия медицинского института, в 1931 году, с первоначальным фондом около 6000 тыс. экземпляров.
Миссия библиотеки направлена на обеспечение поддержки образовательного процесса и научных исследований в учебном заведении путем создания необходимых условий для оперативного доступа к ресурсам библиотеки и мировым информационным ресурсам.
На основании Приказа № 354 л от 30.01.2014 г. ректора КазНМУ им. С.Д. Асфендиярова библиотеке был присвоен статус Научная библиотека. Библиотека является членом Библиотечной Ассоциации вузовских библиотек РК, принимает участие в работе международных и региональных конференциях, семинарах, совещаниях.
Фонд библиотеки насчитывает более 1 424 050 экземпляров литературы, это книги, диссертации, авторефераты, периодические издания; из них на государственном языке, на русском языке, на иностранных языках в т.ч. фонд электронной литературы.
Ежегодно в фонд библиотеки поступают научные и учебные издания по медицине на бумажных и электронных носителях. Библиотека выписывает ежегодно около 150 наименований казахстанских и зарубежных газет и журналов. Также наиболее полно представлены в фонде монографии, учебники и учебные пособия, диссертации и авторефераты диссертаций профессорско-преподавательского состава КазНМУ им. С.Д. Асфендиярова. Среди которых следует отметить труды академиков Шарманова Т.Ш., Аканова А. А., Ормантаева К.С. и других. Также в фондах библиотеки широко представлены монографии и научные труды, учебники и учебные пособия казахстанских и зарубежных ученых, периодические издания, материалы международных и национальных конгрессов, съездов, конференций, труды научных институтов и обществ, авторефераты диссертаций, переводы статей из иностранных журналов, справочные издания и словари по медицине.