С.Ж. Асфендияров атындағы ҚазҰМУ кітапханасының тарихи алғашқы 6000 данағы жуық қормен, медициналық институт ашылған 1931 жылдан басталады.
Ғылыми кітапхананың міндеті оқу орнындағы ғылыми зерттеулер мен оқыту барысында кітапхана және әлемдік ақпараттық ресурстарды тез арада пайдалануға жол ашуды қамтамасыз ету арқылы қолдау көрсетуге бағытталған.
2014 ж. 30.01 ҚазҰМУ ректорының № 354 л Бұйрығының негізінде кітапханаға Ғылыми кітапхана статусы берілді.
Кітапхана қорында 1 488 771 данадан астам әдебиет бар, олар кітаптар, диссертациялар, авторефераттар, мерзімді басылымдар, оның ішінде мемлекеттік тілде, орыс тілінде, шетел тілінде, оның ішінде электрондық әдебиет қоры.
Жыл сайын кітапхана қорына медицина бойынша қағаз және электрондық тасымалдағыштарда ғылыми және оқу басылымдары келіп түседі. Кітапхана жыл сайын қазақстандық және шетелдік газеттер мен журналдардың 150-ге жуық атауын жазып береді. Сондай-ақ қорда монографиялар, оқулықтар мен оқу құралдары, диссертациялар мен диссертациялардың авторефераттары толық ұсынылған. С. Д. Асфендияров Атындағы. Олардың ішінде академиктер Т. Ш. Шармановтың, А. А. Ақановтың, К. С. Ормантаевтың және т.б. еңбектерін атап өткен жөн. Сонымен қатар, кітапхана қорында монографиялар мен ғылыми еңбектер, қазақстандық және шетелдік ғалымдардың оқулықтары мен оқу құралдары, мерзімді басылымдар, халықаралық және Ұлттық конгрестер, съездер, конференциялар материалдары, ғылыми институттар мен қоғамдардың еңбектері, диссертациялардың авторефераттары, шетелдік журналдардан мақалалар аудармалары, медицина бойынша анықтамалық басылымдар мен сөздіктер кеңінен ұсынылған.
